九十九夜伏妖谭-明治十七年篇-

东方支天众护神民与镇＆虎源之间的战斗还未见分晓，时序已来到明治十七年。疑似护神民的男子惨死，他手中的照片似乎透露玄机...另外，一对阴阳师兄妹受镇的父亲之托前来...惨死的男人与阴阳师兄妹所探求的「外道的铁轮」究竟为何!?

镇与虎源前往鹿鸣馆，护卫遭到袭击的伊藤博文。在镇所查出之犯人的所在地，虎源见到了儿提时代极为熟悉的人物──白虎队士中第二队队长日向内记。追赶着化身为强大九十九神?白虎的日向，虎源不禁忆起改变自己命运的悲惨过去…

镇和虎源遭遇身上寄宿着九十九神．青龙的土方岁三之后，在等待伤势恢复的同时，也思考着下一步。迫不得已暂时与镇等人一同行动的阴阳师安倍清女，落单时被未知的九十九神拖入沼泽之中，奋勇搭救的镇透过铁轮，看见了清女的过去...

镇追着父亲来到京都，得知父亲身受重伤，目前行踪不明，而原本是伙伴的安倍家竟投靠了敌方。更糟的是，由于土方的攻势，镇与其他人分散，独自徘徊在京都街头...